| # | Nama | Akreditasi |
|---|---|---|
| 1 | 30400534 - SMA NEGERI 1 NUNUKAN | A |
| 2 | 30402808 - SMAS K ST GABRIEL NUNUKAN | A |
| 3 | 69888489 - SMA MUHAMMADIYAH NUNUKAN | C |
| 4 | 30402814 - SMA NEGERI 2 NUNUKAN | A |
| 5 | 69753196 - SMKS KESEHATAN PUTRA BORNEO NUNUKAN | A |
| 6 | 30402818 - SMK NEGERI 1 NUNUKAN | B |
| 7 | 70025919 - MA AL-ANSHARI | C |
| 8 | 30315193 - MAS AL KHAIRAAT | B |
| 9 | 30315192 - MAS AL IKHLAS | A |
| 10 | 69881521 - MAS Nur Islam | B |
| 11 | P9934916 - PKBM Bina Warga | A |
| 12 | P2963020 - PKBM Imanuel | Tidak Terakreditasi |
| 13 | 30402769 - SLB NEGERI NUNUKAN | B |